История мини-футбольного клуба «Мытищи» берет свой отсчет с 2002 года -

16 ноября команда провела своей первый поединок, добившись победы над ФК «Дмитров» в матче Второй лиги российского первенства. Главным тренером мытищинцев стал Михаил Бондарев, который тремя годами раннее, в качестве наставника сборной России по мини-футболу выиграл золото чемпионата Европы. В первом же сезоне «Мытищи» сумели заработать путёвку в Первую лигу, во втором - уже в Высшую лигу. Проведя там два сезона, подмосковной команде удалось пробиться и в Суперлигу - элитный дивизион российского мини-футбола.

Таким образом, начиная с сезона 2006/2007 «Мытищи» выступают в классе сильнейших команд страны. Самым успешным за это время сезоном стал сезон 2008/09, когда подмосковный коллектив занял восьмую строчку в турнирной таблице чемпионата, проводившегося тогда без раунда плей-офф. В последние годы МФК «Мытищи» неизменно являются одним из претендентов на попадание в плей-офф, но, тем не менее, еще ни разу в данную стадию не проходили. В прошедшем чемпионате команда была как никогда близка к заветной цели, однако в последнем туре «регулярки» в очном поединке уступила дорогу «Новой генерации», которая в итоге стала полуфиналистом сезона.

Перед стартом нынешнего сезона мытищинцы сумели сохранить костяк той команды, произведя замену лишь в заявке легионеров. В команду пришел лучший бомбардир финальной части Кубка УЕФА 2012/2013 экс-кайратовец Фумаса, а также бывший лидер атак МФК КПРФ Мурило. Однако данные игроки, призванные быть лидерами в игре «Мытищ», надежд не оправдали и после окончания первого круга покинули клуб. Их призваны заменить молодые футболисты, которые регулярно играют в составе команды, а также взятые в аренду Николай Мальцев, Илья Федоров, Валерий Демин и Никита Шевчук. К отчетному поединку мытищинцы подходят на 10 месте в турнирной таблице, а лучший бомбардир команды Владимир Гончаров в 25 встречах забил 16 мячей.