В 90-х годах двадцатого века тюменская команда «Подарки» во главе с форвардом Александром Поповым выиграла едва ли не все возможные любительские мини-футбольные турниры. На ее базе в 1999 году и был основан мини-футбольный клуб «Сибнефтепровод».

Дата рождения клуба — 30 августа 1999 года. Именно в этот день «Сибнефтепровод» провел свой первый официальный матч. В рамках предварительного этапа Кубка России в Челябинске тюменцы уступили московскому «Спартаку-Минкасу» — 1:6. Первый гол в истории клуба забил Денис Абышев.

Свои выступления в рамках первенства России «Сибнефтепровод» начал с турнира первой лиги, который тюменцы выиграли со второй попытки, завоевав путевку в высшую лигу. Добившись повышения в классе клуб лишился титульного спонсора и обрел свое нынешнее название — «Тюмень». С 2001 года «Тюмень» — бессменный участник чемпионатов страны в элитном дивизионе.

В сезоне 2009/10, в год своего 10-летнего юбилея команда добилась наивысшего результата в своей истории — 2-е место в Чемпионате России. Еще одно максимальное достижение команды в Кубке России было показано в этом сезоне — команда вышла в финал, где в тяжелой борьбе уступила одному из грандов — московскому «Динамо-Ямал».

На протяжении всей истории в вопросах формирования команды предпочтение отдавалось местным воспитанникам. Сейчас сборная России не обходится без тюменских футболистов.

МФК «Тюмень» за годы работы сумел выстроить полноценную цепочку подготовки молодых футболистов. Практически с самого основания в команде существует команда дублёров, в 2007 году появился фарм-клуб команды — «Тобол-Тюмень-2» (Тобольск), ныне «Тюмень-2» (Ишим), выступающий в Высшей лиге чемпионата России. С 2005 года работает детская школа, которая год от года, подбирается к званию лучших спортивных мини-футбольных школ.

Особенным для МФК «Тюмень» стал сезон 2012–2013. Впервые в истории клуба, к бронзовым наградам команду привел, тюменец, бывший игрок клуба Евгений Осинцев. Кроме этого, под руководством еще одного сибиряка Сергея Марадуды, впервые созданная женская команда «Тюмень», в дебютном же сезоне выиграла бронзовые награды. Еще один выходец из МФК «Тюмень», Андрей Комаров, который руководил фарм-клубом, вместе со своими ребятами, неожиданно для многих, выиграл золото высшей лиги. Следующий сезон смело можно назвать, сезоном несбывшихся надежд. Клуб возглавил тренер — чемпион мира, Маркус Сорато. Начали чемпионат сибиряки неплохо,какое-то время тюменцы шли в лидерах. Но вторая часть чемпионата не задалась. Сибиряки закончили первенство на первой стадии плей-офф. Тем же путем пошли и представители высшей лиги. Футболисты из «Ишима-Тюмени-2», также не смогли преодолеть первую стадию игр на вылет.