Датой рождения клуба считается 30 августа 1999 года, именно в этот день команда под названием «Сибнефтепровод» провела свой первый официальный матч.  Выступления в рамках первенства России «Сибнефтепровод» начал с турнира Первой лиги, который тюменцы выиграли со второй попытки, завоевав путевку в Высшую лигу. Добившись повышения в классе, клуб лишился титульного спонсора и обрел свое нынешнее название — МФК «Тюмень». С 2001 года тюменцы являются бессменными участниками чемпионатов страны в элитном дивизионе.

 Лучшим достижением клуба в чемпионате России до сезона 2009/2010 было четвертое место.  Однако в 2009 году на роль главного тренера был приглашен специалист из Бразилии — Бето, и именно под его руководством «Тюмень» впервые завоевала медали чемпионата. В мае 2010г., в год своего 10-летнего юбилея, команда добилась наивысшего результата в своей истории — серебряных медалей первенства. В этом же сезоне было показано максимальное достижение и в Кубке России — команда вышла в финал, где в упорной борьбе уступила московскому «Динамо-Ямалу». Следующие два сезона команда оставалась без медалей, уступив в сезоне 2010/2011 "Сибиряку" в матче за третье место, а в плей-офф 2011/2012гг. не пройдя барьер четвертьфинала.

 Однако прошедший сезон 2012/2013 выдался для команды уже гораздо более успешным. В Кубке России команда второй раз  в своей истории вышла в финал турнира, а в чемпионате подопечные Евгения Осинцева стали третьими, в «бронзовой» серии взяв реванш у «Сибиряка» за поражение в 2011году. Помимо успехов главной команды нельзя не отметить и победу дубля «Тюмени» в Высшей лиге, а также третье место женской команды в Первенстве России.

 Перед стартом нынешнего чемпионата в «Тюмени» произошла перестановка на тренерском мостике – вместо Евгения Осинцева главным тренером команды был назначен известный бразильский специалист Маркос Сорато. И под руководством нового наставника тюменцы пока выступают достаточно успешно – перед отчетной встречей команда занимает третью строчку в турнирной таблице.