История МФК КПРФ берет начало в 2003 году, когда команда компартии начала соревноваться с коллективами других политических партий Российской Федерации. Со следующего года «коммунисты» начали участвовать в чемпионате Москвы, в сезоне 2007/2008 став одним из лидеров этих соревнований за счет привлечения целого ряда профессиональных футболистов.
В сезоне 2008/2009 команду усилили именитые экс-игроки легендарной "Дины" - Аркадий Белый, Александр Верижников, Дмитрий Горин, Михаил Маркин и Илья Самохин. КПРФ с ходу выиграл чемпионат Москвы, не потерпев в турнире ни одного поражения, после чего руководством партии было принято решение создать профессиональный мини-футбольный клуб и принять участие в розыгрыше Высшей лиги.
В первый сезон в «вышке» МФК КПРФ занял шестое место. Но уже во втором одержал уверенную победу и добился права выступать в Суперлиге. Дебютное первенство 2011/2012гг. в элите российского мини-футбола стало для «коммунистов» неудачным – команда заняла предпоследнее 11 место в регулярном чемпионате, не попав в раунд плей-офф. Чемпионат 2012/2013 КПРФ также провалил - «коммунисты» стали худшей командой чемпионата, замкнув турнирную таблицу первенства. Прошедший сезон 2013/2014 стал первым полноценным сезоном в команде для главного тренера КПРФ Темура Алекберова и на протяжении всего чемпионата «коммунисты» всерьез претендовали на попадание в раунд плей-офф, однако в итоге завершили сезон на 10 месте, отстав от ставшей восьмой «Новой генерации» на 5 очков.
В прошедшее межсезонье клуб покинул лидер команды прошедшего сезона бразилец Мурило, забивший почти треть всех мячей команды в прошлом чемпионате, который ушел в «Мытищи», а также Ильдар Нугуманов, отправившийся на повышение в подмосковное «Динамо». Вместо них «коммунисты» приобрели трех новых легионеров, которыми стали экс-игрок «Спортинга» Део, нападающий молодежной сборной Украины Петра Шотурма и хорошо известный новосибирским болельщикам бразилец Сидней. В обновленном составе подопечные Алекберова приняли участие в двух предсезонных турнирах – Кубке «Спартака», где обыграли хозяев турнира и новоуренгойский «Ямал», уступив при этом «Политеху», и в «Dina Open Cup», где в полуфинале уступили испанскому «Интеру», а в матче за третье место обыграли белорусскую «Столицу».