В 1992 году у группы энтузиастов возникла идея создания городской футбольной команды. Так, 30 июня 1993 года была зарегистрирована общественная организация «Футбольный клуб «Норильск». 

Команда получила предложение участвовать в общероссийских соревнованиях. Сначала в сентябре 1993 года норильчане успешно сыграли в финальном турнире первенства России по мини-футболу среди команд 2-й лиги. Для них это был первый официальный турнир. А уже в октябре они стартовали в 1-й лиге первенства России.

На первом этапе соперники у "Норильска" были очень серьезные, укомплектованные ветеранами советского футбола. Начали северяне с «феерической» серии из пятнадцати поражений подряд. 

На втором этапе команда включилась в борьбу за места с 13-го по 24-е. Здесь дебютанты воспряли, собрались с духом, силами и даже сумели стать лучшими в  своей группе, заняв в итоге 13-е место. Так завершился первый сезон, в котором норильчане, фактически, знакомились с мини-футболом.

В 1999 году на мини-футбольный клуб обратило внимание молодое руководство РАО «Норильский никель». Команда сменила название и в лице «Норильского никеля» обрела уважаемого и стабильного спонсора. С этого времени начался новый этап в жизни клуба, как представителя горно-металлургической компании «Норильский никель».

Генеральным спонсором перед МФК «Норильский никель» была поставлена цель: создать команду мирового уровня, способную выиграть Чемпионат России и достойно выступать на международной арене. Результат не заставил себя ждать. В сезоне 1999/2000 гг. команда стала одним из лидеров чемпионата России, и лишь осечка в последнем туре не позволила ей подняться на пьедестал и отбросила на 5-е место в турнирной таблице.

В том же году в структуре клуба была создана команда «Норильский никель-2», принимавшая участие в первенстве 1-й лиги. Основу этого коллектива составляли воспитанники норильского футбола, получавшие возможность оттачивать свое спортивное мастерство для дальнейшего профессионального роста. Таким образом, в клубе была выстроена четкая система подготовки собственных кадров: ДЮСШ – 1-я лига – Высшая лига.

В 2000 году «Норильский никель» стал финалистом Кубка России, где уступил трофей команде «ГКИ-Газпром», усиленной бразильскими легионерами во главе с лучшим футболистом ЧМ-1992 Жоржиньо, лишь в дополнительное время.

В том же сезоне уже более опытная и сыгранная команда МФК «Норильский никель» в упорной борьбе с признанными грандами мини-футбола России стала серебряным призером чемпионата страны. Лучшим игроком того года был назван футболист норильского клуба Владислав Щучко.

С 2003 года АМФР решила реформировать структуру проведения соревнований и выделила ведущие клубы России в отдельный элитный дивизион - Суперлига мини-футбола. И уже в Суперлиге в 2003/04 гг. команда заняла 5-е место.

В 2009 году были изменены основные приоритеты в деятельности мини-футбольного клуба. Взят курс на отказ от услуг высокооплачиваемых легионеров и привлечение в команду большего количества собственных воспитанников. Костяк команды Суперлиги составили игроки расформированной команды «Норильский никель-2». А основные усилия клуба отныне направлены на решение задач социального характера – создание условий для профессионального роста выпускников норильской детско-юношеской школы №6 и других спортивных учреждений Красноярского края, а также активное участие в воспитательных и спортивных мероприятиях ОАО «ГМК «Норильский никель», администрации Норильска и правительства Красноярского края.

В сезоне 2014/2015 команда "Норильский никель" повторила достижение 2000г., пробившись в финал розыгрыша Кубка России, однако в решающих матчах уступила "Динамо". В Суперлиге - 7-е место.