Футбольный клуб "Политех" был основан в 1995 году на базе Санкт-Петербургского государственного политехнического университета по инициативе  в то время Первого Проректора, а ныне Ректора Университета и Президента Клуба Михаила Петровича Федорова и Кирилла Владимировича Мирзояна, ставшего Главным тренером   Команды.

Спортивный путь «Политехник», именно так называлась тогда команда,   состоявший из студентов  и выпускников Университета,  начал со 2-ой группы Первенства Санкт-Петербурга.  Первые три  сезона - 1995/96, 1996/97, 1997/98 команда выступала только в городских соревнованиях, из года в год, поднимаясь выше на  ступень в мини-футбольной иерархии.  

В  сезоне 1998/99 «Политехник» стал Чемпионом Северо-Западного дивизиона (т.е. Санкт-Петербурга), успешно дебютировал в региональном дивизионе «Б» Первой лиги Первенства России, заняв в итоге 1-е место, сменил статус любительского клуба на профессиональный и название на более короткое и звучное «Политех».

По итогам  сезона  1999/2000 году клуб занял уже  второе место в дивизионе «А» Первой Лиги, что дало ему  право играть в Высшей Лиге Чемпионата России, которым «Политех» и воспользовался. Следующий сезон 2000/01 «Политех» завершил на хорошем для дебютанта 10 месте (из 16-ти) в сильнейшей лиге России. 

К сожалению, за последующие несколько лет петербуржцам улучшить свои турнирные показатели  в российских соревнованиях не удалось.  В 2003 г. в связи с сокращением элитного дивизиона до 12 команд и образованием двух лиг -  Суперлиги Высшей - и ФК «Политех», занявший 13 место в Чемпионате 2002/03, в число сильнейших команд России не вошел. Руководство клуба  приняло решение не участвовать в общероссийских соревнованиях 2003/04, взяв «сезонную» паузу для развития клуба. В этот период были созданы дублирующий состав и юношеские команды клуба, выступающие в Первенствах города и России среди своих сверстников.

В 2004 году в третий раз, завоевав  титул Чемпиона Санкт-Петербурга, «Политех» вернулся в Высшую лигу Чемпионата России, заняв 7 место по итогам сезона 2004/05.

Следующий сезон 2005/06 стал одним из знаменательнейших в истории клуба -  ФК «Политех»  выиграл «бронзу» Первенства России по мини-футболу среди команд Высшей лиги, и это  позволило команде уже в сезоне 2006/07 дебютировать  в элитном дивизионе России - Суперлиге, где в настоящее время и выступает.   

Дважды команда выходила в плей-офф Чемпионата России: (2010/11 - с 7 места и 2012/13 - с 8 места).