Мини-футбольный клуб "Норильский никель" был основан в 1993 году. Команда выступала в первой лиге чемпионата России под названием МФК «Норильск» начиная с сезона 1993/1994.

 В элиту отечественного мини-футбола клуб впервые попал в сезоне 1996/1997. Тогда он занял 13 место и в результате переходного турнира получил понижение в классе, но для возвращения в элиту норильчанам потребовался всего один год. Второй сезон в компании сильнейших также сложился для «Норильского никеля» неудачно — 12 место, однако в сезоне 1999/2000 он поднялся уже на пятую строчку в турнирной таблице, а ещё через год стал серебряным призёром чемпионата.

 Самым успешным в истории клуба стал сезон 2001/2002. В регулярном чемпионате «Норильский никель» занял только третье место, однако, поочерёдно обыграв в плей-офф ЦСКА, «ВИЗ-Синару» и «ГКИ-Газпром», северянам удалось стать чемпионами России. «Норильский никель» стал первой в истории российского спорта командой из Заполярья, завоевавшей титул чемпиона страны.

 В следующем сезоне северяне были близки к повторению прошлогоднего успеха, однако уступили московскому «Динамо» в решающем финальном матче со счётом 7:8. С тех пор «полярникам»» больше не удавалось пробиться в тройку сильнейших команд страны. Летом 2009 года руководство клуба объявило об изменении своей политики - теперь «Норильский никель», на протяжении последних лет активно пользовавшийся услугами легионеров, решил обходиться лишь российскими игроками, в основном собственными воспитанниками.

 Однако перед началом нынешнего сезона состав норильчан усилило трио игроков сборной Ирана. С ними в составе текущий чемпионат «Никель» проводит достаточно уверенно и перед отчетным матчем занимает 7 место в турнирной таблице, отставая от «Сибиряка» всего на 4 очка. Лучший бомбардир команды на этом отрезке Сергей Пономарев в 23 матчах забил 18 мячей.